Dentro de la serie hay también otra historia, la de los "Tachikomas", minitanques arácnidos de asalto concebidos como arma pero que, al tener una inteligencia totalmente artificial, tienen un comportamiento infantil y despreocupado. Los cuales desarrollan a través del transcurso de la serie su IA, autopresentandose inquietudes sobre su propia existencia. Existe algunos capítulos apartes de la serie GITS SAC, sobre estos "tachikomas" (incluidos después de los créditos de la serie).

A pesar de parecer que la serie tiene una trama argumental desligada, se va trazando a través de los capítulos de la primera temporada la historia de "El hombre que ríe", de quien poco a poco se irá desvelando su posible identidad, y su lucha contra el gobierno, la censura y las empresas transnacionales. La segunda temporada incorporará un juego político y social mucho más profundo, encontrándose la trama mucho más atada mientras profundiza en la historia de los componentes de la sección 9.