Gunslinger Girl nos narra la historia de una serie de chicas, que tras estar en el borde entre la vida y la muerte, han sido preparadas y modificadas para convertirse en las mejores asesinas. Su apariencia angelical hacen que nadie desconfie de estas niñas malvadas y sin sentimientos.
No son tomadas como seres humanos debido a las modificaciones que han sufrido en su cuerpo y mente, sus ahora jefes las han convertido en cyborgs con apariencia humana y sin rastro de un pasado en su cerebro.
Es la triste historia de unas chicas que han perdido su pasado pero continúan viviendo. Después de que se les haya lavado el cerebro, pueden matar a cualquier inocente sin siquiera titubear. No se arrepienten de sus actos ni sienten ninguna lástima. Pero tras este bello disfraz, se destruyen a sí mismas y se resisten a crecer.